Na harmonijce najlepiej się gra gdy jest czysta na zewnątrz i w środku. O ile wyczyszczenie obudowy nie jest specjalnie trudne, to z czyszczeniem wewnątrz może pojawić się kłopot.
Najlepiej gra się na czystej harmonijce nie tylko ze względów higienicznych, ponieważ kurz i ślina osadza się także wewnątrz kanałów i na stroikach, czego skutkiem jest coraz cichsze granie instrumentu i gorsze reagowanie na zadęcie. (Zobacz: Legenda)
Aby wyczyścić harmonijkę nie musisz jej rozkręcać. Najprostszym sposobem czyszczenia jest po prostu wydłubanie brudu patyczkiem do uszu lub wykałaczką, osobiście polecam patyczek, ponieważ zbiera znacznie więcej brudu oraz można go zwilżyć przez co jest jeszcze skuteczniejszy (Dodatkowo wykałaczką łatwiej uszkodzić stroiki). Staraj się tak czyścić harmonijkę nie tylko gdy już nie będzie nadawała się do gry. Częstość czyszczenia zależy od częstości używania, dlatego Gdy grasz prawie codziennie lub częściej powinieneś to robić przynajmniej co tydzień-dwa.
Od czasu do czasu dobrze jest przepłukać harmonijkę wodą lub wodą z płynem do naczyń (nie wolno do tego celu używać mydła ponieważ zostawia osad i mogło by to jeszcze pogorszyć sprawę). Strumień nie może być za silny by nie uszkodzić stroików. Po umyciu wodę usuń stukając harmonijką o dłoń, kanałami do dołu, oraz pograj chwilę na każdym kanale by dokładnie się osuszyła. Jeżeli posiadasz harmonijkę plastikową to nie musisz suszyć jej zbyt dokładnie bo i tak nic się jej nie stanie, jedynie będziesz musiał dłużej poczekać. Natomiast w harmonijkach z drewnianym korpusem musisz wykonać tę czynność bardzo dokładnie, choć nie ma czego się bać bo instrument z natury jest przyzwyczajony do wilgoci z ust.
Gdy harmonijka jest bardzo zabrudzona np. gdy wpadła do błota itp. nie należy jej samemu rozkręcać, gdyż bardzo łatwo ją popsuć. Znacznie lepiej udać się do jakiegoś serwisu w którym się na tym znają. Jednak jest to już ostateczność.